地震发生后的最初阶段以人员抢救和伤员救治为主，此后，灾区公共卫生和传染病防控工作应全面展开。5月15日，卫生部紧急制订下发《抗震救灾卫生防疫工作方案》，从疫情监测、食品卫生、饮水卫生、环境卫生、病媒生物防制、消毒处理、化学中毒预防和处理、遗体处理和心理危机干预9个方面指导地震灾区防疫工作。

　　《方案》指出，应及时启动灾后应急疾病监测机制。根据灾害发生时的季节特点、地理区域特点、灾害程度、灾民数量及年龄结构特征、灾民安置方式以及当地既往传染性疾病谱和流行水平，确定应急监测病种或/和临床症候群。疫情或突发公卫事件的报告人包括尚在运转的医疗机构、灾民安置点的固定和流动医疗点、医疗队的医生及现场疾控专业人员。为保证监测系统能够掌握每个灾民安置点的传染病或因病死亡发生情况，在未设固定医疗点的安置点，应指定人员每天在安置点询问了解疾病症状和发生人数等，向指定信息收集点报告。在灾害初期，可采用电话报告。通讯系统恢复后，可填报报表，用传真或电子邮件向指定的信息收集单位报告。

　　《方案》指出，灾区的食品卫生是预防肠道传染病和食物中毒的重要内容，需要强化食品卫生监督管理。其重点包括：对救援食品的卫生监督和管理；灾区原有食品的清挖整理与卫生质量鉴定和处理；对灾区在简易条件下生产经营的集体食堂和饮食业单位采取严格的卫生监督和临时控制措施；加强食品卫生知识宣传，以居民家庭预防食物中毒为主。水源的选择与保护是饮水卫生的重点。水源地受到破坏或污染严重时，应立即选择新的水源地，建立新的取水口；临时性供水需由专人负责，并注意饮水消毒，确保水质卫生。震后应急环境卫生工作的主要内容是：做好水源保护；设置临时厕所、垃圾堆集点；做好粪便、垃圾的消毒、清运等卫生管理；按灾害发生地的实际情况妥善处理人和动物尸体。重点区域则是灾民临时集中、分散住所，医疗点，救灾人员临时居住地等。

　　《方案》指出，各级卫生防疫部门应有具体分工，做好蚊、蝇、蚤、蜱、鼠等病媒生物监测与防制的组织工作。要有专人负责，做好杀虫灭鼠药物的集中供应、配制和分发工作，做好蚊、蝇等病媒生物预防控制常识宣传，组织专业技术人员和群众实施。应对不同人群、不同场所采取不同的防控措施，如现场救援人员要进行必要的个人防护，包括使用市售趋避剂如蚊不叮等。卫生应急队伍要尽量远离各类化工厂、化学品仓库、化工商店、不明原因包装瓶（箱）等危害源，如果出现化学品泄露情况，安排卫生应急队伍时应注意危险源上风向是安全区域。《方案》指出，对逝者处理必须给予充分尊重，应及时就地清理和尽快掩埋处理。对需要辨明身份而不能马上处理者，存放时间应尽量缩短。遗体暂时存放地点应远离水源、避开人员活动区，避开低洼地。

　　《方案》指出，灾后心理危机干预要与整体救援活动整合在一起进行，要及时调整心理救援的重点，配合整个救灾工作的进行；要以社会稳定为前提工作，不给整体救援工作增加负担，减少次级伤害；要保护接受干预者的隐私，不随便透露个人信息。《方案》确定了本次地震灾难需要心理干预的五级人群，提出目前的重点干预目标应从第一级人群开始。第一级人群：直接卷入地震灾难的人员，死难者家属及伤员；第二级人群：与第一级人群有密切联系的个人和家属，可能有严重的悲哀和内疚反应，需要缓解继发的应激反应；现场救护人员以及地震灾难幸存者。该人群为高危人群，是干预工作的重点，如不进行心理干预，其中部分人员可能发生长期、严重的心理障碍。第三级人群：从事救援或搜寻的非现场工作人员（后援），帮助进行地震灾难后重建或康复工作的人员或志愿者。第四级人群：受灾地区以外的社区成员，向受灾者提供物资与援助，对灾难的可能负有一定责任的组织。第五级人群：在临近灾难场景时心理失控的个体，易感性高，可能表现心理病态的征象。